Contexte et justification
La peste reste un problème de santé publique dans certaines régions (Amériques, Asie, Afrique) mais plus particulièrement à Madagascar, où le nombre de cas de peste humaine est le plus élevé au monde selon l’OMS (2016). Si la bactériologie reste la méthode de référence pour la confirmation de la peste (nécessitant au moins 10 jours), d’autres outils de diagnostic (test de diagnostic rapide [TDR F1 Peste], ELISA,…) ont été déjà mis au point et sont largement utilisés aussi bien au laboratoire que sur le terrain. Néanmoins, l’isolement de la bactérie Yersinia pestis est parfois difficile si une antibiothérapie a été administrée avant le prélèvement. Dans ce cas l’utilisation de la méthode d’amplification isothermique de l’ADN (ou LAMP) pour la détection du gène Caf1 spécifique de Y. pestis, en complément à la bandelette TDR F1 Peste, peut être envisagée sur le terrain ou comme test de confirmation si l’isolement par la bactériologie échoue. La LAMP est une technique innovante qui ne nécessite pas d’appareil sophistiqué. Les résultats sont visibles à l’œil nu ; de plus, sa sensibilité et sa spécificité sont élevées.
Objectifs
L’objectif de cette étude est de mettre au point la technique LAMP comme test de diagnostic moléculaire de la peste, simple d’utilisation et peu onéreux, qui soit réalisable directement à partir des prélèvements biologiques tels que les ponctions de bubon, crachats ou prélèvements post-mortem. Cette activité s’inscrit dans les termes de référence du LCP- Unité Peste en tant que Centre Collaborateur OMS.
Méthodes
Les amorces pour l’amplification du gène Caf1 (Stewart et al, 2008) ont été conçues pour la technique LAMP. La mise au point de la technique se fera d’abord à partir d’extrait d’ADN de souches de Y. pestis puis sera adaptée aux extraits d’ADN de prélèvements biologiques de peste. La sensibilité et la spécificité de la technique LAMP seront analysées par rapport à la culture bactériologique (test de référence), le TDR F1 Peste (Chanteau et al, 2003) et la PCR F1 conventionnelle (Rahalison et al, 2001).
Résultats et discussion
Les amorces de la PCR F1 conventionnelle utilisée sont celles précédemment décrites (Rahalison et al, 2001) ; toutefois la technique PCR a été optimisée en revoyant la composition du mélange réactionnel ainsi que le programme du thermocycleur.
Pour la technique LAMP, 3 sets d’amorces ont été conçus La mise au point et l’optimisation du protocole sont en cours.
Impact
Si cette technique donne des résultats prometteurs, elle pourra être utilisée en routine dans les laboratoires situées en zone pesteuses périphériques et pourra servir de diagnostic de confirmation dans un délai très court.