Contexte et justification
Le génotypage des souches de la TB ont permis le suivi moléculaire de la TB. Le spoligotyping est une méthode de génotypage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis (CMTB) qui a été largement utilisée dans la classification des souches TB dans le monde. Malgré le niveau de discrimination relativement faible du spoligotyping par rapport aux autres méthodes de génotypage du CMTB, elle est utilisée pour une première identification rapide des isolats cliniques de la TB et permet de suggérer une probable transmission récente de la maladie.
D’un autre côté, les études utilisant le Système d’Information Géographique (SIG) ont montré des caractéristiques géographiques de maladies. Ces études ont démontré des agrégats significatifs de TB dans plusieurs pays dans le monde dont Madagascar. Une association des méthodes de SIG avec les méthodes de génotypage pourrait permettre de distinguer les zones à forte charge de TB et retracer les zones de transmission de TB. Ceci permettrait de mieux orienter les stratégies de lutte contre la TB par l’identification des zones les plus touchées et qui seront prioritaires pour les actions à mener.
Objectifs
L’objectif de ce projet est d’associer SIG et génotypage pour la détermination de hot spots de TB à Antananarivo :
- Etudier la diversité génétique des souches circulant à Antananarivo
- Cartographier les zones associées à ces agrégations spatiales de TB.
- Déceler des zones potentielles de forte transmission de TB.
Méthodes
Il s’agit d’une étude prospective sur des patients TB pulmonaire à microscopie positive (TPM+) dans 20 centres de diagnostic et de traitement de TB (CDT) de la commune urbaine d’Antananarivo durant 8 mois. Après leur consentement éclairé, une fiche d’information a été remplie et le crachat prélevé pour les analyses. L’ADN, extrait à partir de la culture issue de crachats de patients, a été utilisé pour le spoligotyping sur la plateforme Luminex®. Un cluster génotypique a été défini comme un groupe de souches présentant le même spoligotype.
Les patients TB ont été localisés par « Fokontany » et la distribution de cas de TB a été analysée avec le logiciel SatScan® avec la méthode de balayage spatiale de Kulldorff. Les zones touchées par les éventuels clusters spatiaux de TB ont été cartographiées avec QuantumGIS.
Résultats
Cinq cent vingt-trois patients TPM+ ont été recrutés, dont 467 patients ont été inclus. 394 spoligotypes ont été obtenus à partir d’ADN extrait de cde la culture avec un taux de clusterisation génotypique de 88,07%.
Les analyses spatiales des cas de TB ont montré un cluster spatial de TB et l’analyse des cas de TB avec des profils génétiques répétés ont montré 4 clusters spatiaux dont l’un est superposé au précédent cluster spatial de cas de TB (Figure 1A).
En conclusion, la combinaison du génotypage et des analyses spatiales semble mettre en exergue des zones pouvant être associées à une transmission active de la TB à Antananarivo.
A) les clusters spatiaux de TB à Antananarivo ; B) diversité des isolats cliniques de TB dans les clusters spatiaux.
Impacts
- Identification de zones à fort potentiel de transmission de la TB à Antananarivo.
Mise à disposition d’un outil permettant de déterminer les zones à fort potentiel de transmission de TB pour le Programme national de lutte contre la TB.