La diversité génétique des souches M. tuberculosis (Mtb) semble associée à une évolution concomitante des bactéries avec leur hôte et une adaptation aux aléas de leur environnement. Les nouvelles technologies de séquençage à haut débit de génomes permettent aujourd’hui une étude plus approfondie de cette diversité bactérienne et de son influence sur les phénotypes bactériens. Ce projet se propose d’étudier les séquences génomiques au niveau de régions transmises par transferts horizontaux (Horizontally transfered regions, HGT) afin d’y étudier les facteurs évolutifs de souches cliniques Mtb.
Etudier le polymorphisme des régions potentiellement acquises par HGT et leur évolution dans des génomes de souches cliniques Mtb à Madagascar :
Un polymorphisme dans les régions HGT de 180 souches cliniques HGT de Madagascar a été observé et nos résultats préliminaires indiquent une variation de tailles des HGT selon les lignées génétiques des souches. L’assemblage et la comparaison des génomes de 9 souches cliniques obtenus par NGS avec la souche H37Rv ont montré que le nombre de SNP dans les régions HGT polymorphes était significativement plus élevé que celles non polymorphes en particulier dans les groupes génétiques de souches «moderne 1» et «moderne 2 ». En outre, l’accumulation de SNPs dans les régions HGT polymorphes semble être associée à une sélection négative purificatrice que nous sommes en train de confirmer en étudiant 15 génomes complets de MTB disponibles en ligne, appartenant à différentes lignées génétiques. Les données sont en cours d’analyses.
