L’unité d’Epidémiologie et de Recherche Clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar organise deux semaines de formation en systèmes d’information géographiques et analyses multicritères spatialisées appliqués à la santé. Pendant la première semaine de formation, les questions sur les systèmes d’information géographiques (SIG) appliqués à l’épidémiologie seront abordées à travers l’introduction à l’utilisation du logiciel QGIS. La deuxième semaine portera sur les analyses multicritères spatialisées (AMS) et l’application de ces méthodes en santé. Les candidats pourront suivre uniquement la première formation, les deux formations ou, pour ceux qui maîtrisent déjà les SIG, uniquement la deuxième formation.
Ces formations s’inscrivent dans le cadre des formations du RIIP (Réseau International des Instituts Pasteur), et du Dispositif de recherche et de formation en Partenariat avec One Health – Océan Indien. Elles visent à former les partenaires des secteurs de la santé humaine et animale, et des sciences de l’environnement aux systèmes d’information géographique et/ou aux méthodes d’analyses multicritères spatialisées en vue d’application dans le domaine de la santé. Elles sont financées par le RIIP et l’US Department of Health and Human Service (DHHS) dans le cadre du projet ASIDE (Alerting and Surveillance for Infectious DiseaseEpidemics).
Coût de la formation :
La participation au cours est gratuite ainsi que les déjeuners. Pour les participants vivant hors de Madagascar, un soutien financier est possible (billet d’avion, hébergement et restauration), néanmoins les frais de visa sont à la charge des participants. Les participants doivent venir avec leur ordinateur portable si possible ou signaler s’ils ont besoin d’un ordinateur de prêt (prêt à titre gratuit).
Date limite de candidature : 08 FEVRIER 2019
Modalités :
Télécharger le formulaire de demande d’inscription en cliquant sur le lien ci-après :
https://www.pasteur.mg/wp-content/uploads/2019/01/Dossier-de-candidature-Cours-SIG_IPM_v2_FR-2.docx
Outre le formulaire, il sera demandé de fournir :
- un Curriculum vitae (max. 3 pages);
- une lettre de motivation dans laquelle vous expliquerez comment cette formation s’intègre dans votre activité professionnelle ;
- une lettre de recommandation de votre supérieur hiérarchique.
Les candidatures doivent être envoyées par E-mail à fanja@pasteur.mg ET daouda.kassie@cirad.fr au plus tard le 8 février 2019.
1. Systèmes d’information géographiques (SIG) appliqués à l’épidémiologie : introduction au logiciel QGIS (8-12/04/2019)
Un système d’information géographiques (SIG) est un outil permettant l’acquisition, le stockage, la mise à jour, l’intégration, l’analyse spatiale, la visualisation et la restitution de données numériques géo référencées, c’est-à-dire localisées dans l’espace par leurs coordonnées géographiques. Ils sont très utiles en épidémiologie car ils facilitent la représentation, l’analyse et la caractérisation de la composante spatiale (ou spatio-temporelle) des phénomènes de santé. Ils permettent par exemple de cartographier une maladie (en termes d’incidence ou de prévalence) ou les zones à risque, de caractériser la structure spatiale d’événements de santé (telle que leur agrégation ou diffusion spatiale) ou encore de décrire leur voisinage afin de rechercher des facteurs de risques.
Le cours sur les SIG appliqués à l’épidémiologie est destiné aux chercheurs, ingénieurs, médecins, vétérinaires, étudiants en thèse ou post-doctorants. Il doit permettre de maîtriser les fonctions de base du logiciel libre Quantum GIS (QGIS) de façon à être autonome pour réaliser une carte thématique. L’IPM compte ainsi créer un réseau d’acteurs pour le partage des savoirs et pour l’initialisation de collaboration autour des SIG appliqués à l’épidémiologie et la santé publique.
Objectifs :
- Acquérir une méthodologie de mise en place d’un SIG
- Maîtriser les fonctions de base sur l’utilisation du logiciel SIG libre Quantum GIS (QGIS)
- Permettre aux participants d’être autonomes pour établir leur carte thématique.
Prérequis :
Prérequis : maîtrise d’EXCEL
Logiciels utilisés :
QGIS, Excel.
Programme :
Module 1 : Introduction, présentation du logiciel
Module 2 : Utilisation d’un récepteur GPS, acquisition des données de terrain
Module 3 : Intégration de données externes dans un SIG
Module 4 : Jointure attributaire
Module 5 : Jointure spatiale
Module 6 : Zone tampon « Buffer »
Module 7 : Analyse thématique
Module 8 : Mise en page et habillage d’une carte
Module 9 : Calculatrice de champs
2. Analyses multicritères spatialisées (AMS) : application en santé (15-19/04/2019)
La cartographie du risque est un outil précieux pour la surveillance et le contrôle des maladies humaines et animales, mais elle peut s’avérer difficile à mettre en œuvre lorsque peu de données épidémiologiques sont disponibles (maladies émergentes, données disponibles incomplètes, …). Les méthodes d’analyse multicritères spatialisées sont des méthodes basées sur les connaissances, rapides à mettre en œuvre et pragmatiques permettant de générer des cartes de risque (d’introduction, d’amplification, de diffusion…). Elles peuvent contribuer à une meilleure gestion des maladies présentes ou à risque d’émergence, en particulier lorsqu’on dispose de peu de données. Elles sont robustes et constituent une alternative aux modèles statistiques pour la cartographie des risques épidémiologiques (Rakotomanana et al., 2007 ; Hongoh et al. 2011, Paul et al., 2016 ; Tran et al., 2016).
Objectifs :
- Connaître les principes de bases de l’analyse multicritères.
- Maîtriser les fonctions d’analyse spatiale d’un logiciel de SIG comme QGIS pour produire des couches de facteurs de risque spatialisées
- Mettre en œuvre les méthodes d’analyse multicritère pour la cartographie de zones à risque sur des études de cas.
Prérequis :
Prérequis : maîtrise des outils de base SIG (QGIS)
Logiciels utilisés :
QGIS, R, Excel.
Programme :
Introduction
Module 1 : Evaluation multicritères, principe, présentation des principales étapes
Module 2 : Sélection des facteurs
Module 3 : Transformation de données brutes
Module 4 : Standardisation des facteurs
Module 5 : Pondération des facteurs
Module 6 : Agrégation des facteurs, règle de décision
Module 7 : Evaluation Multicritère avec des rasters
Module 8 : Incertitude et validation
Références :
Hongoh V., Gatewood Hoen A., Aenishaenslin C., et al. 2011. Spatially explicit multi-criteria decision analysis for
managing vector-borne diseases. International Journal of Health Geographics 10:70.
Paul M., Goutard F., Roulleau F., et al. 2016. Quantitative assessment of a spatial multicriteria model for highly
pathogenic avian influenza H5N1 in Thailand, and application in Cambodia. Scientific Reports, 6 (31096) :
31096.
Rakotomanana F., Randremanana R.V., Rabarijaona L.P, et al. 2007. Determining areas that require indoor insecticide spraying using Multi Criteria Evaluation, a decision-support tool for malaria vector control programmes in the Central Highlands of Madagascar. International Journal of Health Geographics 6:2.
Tran A., Trevennec C., Lutwama J., et al. 2016. Development and assessment of a geographic knowledge-based model for mapping suitable areas for Rift Valley fever transmission in Eastern Africa. PLoS Neglected Tropical
Diseases, 10:9.