Contrôle des maladies infectieuses

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) – Activités de l’Institut Pasteur de Madagascar au 26 avril 2020

Mise à jour le 4 mai 2020

Situation épidémiologique dans le monde

Le 31 décembre 2019, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a été informée par les autorités chinoises de cas groupés de pneumonies dans la ville de Wuhan (Province de Hubei), en Chine.

Cette maladie, aujourd’hui dénommée « Coronavirus disease 2019 » (COVID-19) est due à un coronavirus qui a été identifié en Chine le 7 janvier 2020 et nommé désormais SARS-CoV-2.

Depuis, ce virus s’est largement répandu en Chine puis à travers le monde.

A la date du 26 avril 2020, l’OMS avait recensé

•  3 356 205 cas confirmés dans le monde,
• dont 238 730 décès

Dans la région Afrique, on comptait 29 438 cas confirmés dont 1064 décès

La situation épidémiologique évolue rapidement et peut être consultée sur le site de l’OMS. « Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation Report »

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports

Situation épidémiologique à Madagascar

A la date du 4 mai 2020 à 13 : 00 (source Ministère de la Santé Publique) :

• 151 cas confirmés
• 0 décès

A l’Institut Pasteur de Madagascar

L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM), partenaire du Ministère de la Santé Publique (MSP), contribue à la riposte contre l’épidémie de COVID-19, notamment dans les domaines de la surveillance épidémiologique et de la confirmation biologique des cas.

Diagnostic du COVID-19

L’Unité de Virologie de l’Institut a été l’une des premières équipes en Afrique à pouvoir détecter le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2). Ainsi, dès le 29 janvier, notamment grâce aux collègues de l’Institut Pasteur de Hong-Kong, l’IPM était en capacité de mettre en œuvre le diagnostic moléculaire par amplification génique (PCR). Ce test de diagnostic, qui permet l’identification du génome du virus, nécessite des conditions de sécurité particulières.

Le diagnostic se fait à partir d’un prélèvement respiratoire (rhinopharyngé, nasal et oropharyngé) comme pour la grippe et il faut compter environ 4h00 entre la réception du prélèvement à l’IPM et le rendu des résultats. Cette durée peut-être plus longue si un nombre important d’échantillons est adressé au laboratoire. Le diagnostic est réalisé au sein de l’Unité de Virologie par le Centre national de référence pour la Grippe et les virus respiratoires reconnu par l’OMS et le Ministère de la Santé Publique (MSP).

Pour faire face à cette activité intense (nombre de prélèvements à analyser en très forte hausse, travail 7 j /7 sur des plages horaires très larges dans la journée), l’Institut a été contraint de mobiliser différentes équipes provenant de différents services :

• Unité d’épidémiologie et de recherche-clinique : plus de 10- 15 personnes interviennent chaque jour (gestion d’une base de données spécifique permettant le suivi des analyses et le rendu des résultats)
• scientifiques de différentes unités venant renforcer l’Unité de Virologie
• différents services support assurant la logistique : véhicules et chauffeurs allant chercher les techniciens et les raccompagnant le soir (mesures indispensables compte tenu de l’absence de transport collectif et/ou des mesures restreignant la mobilité des personnes)…

Depuis le 29 janvier, jusqu’au 26 avril :

• 3.926 PCR avaient été réalisées chez 3.230 personnes
• 151 cas confirmés
• 462 tests de suivi chez les cas confirmés
  • 163 positifs
  • 299 négatifs
• 87 patients biologiquement guéris avec 2 derniers tests négatifs à 48h d’intervalle

La figure 1 ci-dessous montre la distribution journalière des résultats de 3926 PCR et du taux de positivité en fonction de la date de prélèvement. Seuls les nouveaux résultats positifs ont été pris en compte. Pour plus de lisibilité, les prélèvements analysés avant le 15 mars 2020 n’ont pas été affichés (n=15).

Recueil des données épidémiologiques

Un recueil d’information sur les personnes prélevées est effectué à partir des fiches accompagnant les prélèvements et saisie sur le logiciel REDCap®. Une extraction de la base de données est effectuée chaque jour et adressée au MSP.

Par ailleurs, les équipes de l’Institut (Dr Jean Michel HERAUD, Unité de Virologie et Dr Rindra RANDREMANANA, Unité d’Epidémiologie et de recherche clinique) participent à la validation du « Bulletin spécial sur la situation du COVID-19 à Madagascar » rédigé par le MSP.

Formation des biologistes de structures du Ministère de la santé

L’IPM a organisé depuis le 6 avril, à la demande du MSP et financées par l’OMS des formations au diagnostic moléculaire pour les biologistes des hôpitaux de province (Fianarantsoa, Mahajanga et Toamasina) et différents centres à Antananarivo (Centre Hospitalier Universitaire Joseph Ravoahangy Andrianavalona, Centre d’Infectiologie Charles Mérieux et le Laboratoire de l’Institut National de Recherche en Santé Publique).

Quinze biologistes et techniciens, issus de ces 6 structures ont suivi les 3 formations organisées (6-9 avril ; 14-16 avril ; 21-25 avril).

La formation, dirigée par le Dr Jean-Michel HERAUD, Chef de l’Unité de Virologie de l’IPM et ses équipes, devrait leur permettre d’acquérir les connaissances techniques et pratiques afin de faciliter la mise en œuvre du diagnostic du COVID-19 par technique de PCR en temps réel.

Recherches opérationnelles

Un projet, ayant reçu l’accord du Comité d’éthique de la recherche biomédicale (CERBM) auprès du MSP, est actuellement en cours en partenariat avec nos collègues hospitaliers prenant en charge les cas de COVID-2019 : CHU Joseph Raseta Befelatanana, CHU Anosiala, CHU Andohatapenaka. Ses objectifs sont de décrire les premiers cas et d’évaluer le risque de transmission aux personnes contact.

Un second projet avec les même collaborations concerne les professionnels de santé des centres hospitaliers de référence de la prise en charge des cas de COVID-19 a été approuvé par le CERBM et débutera prochainement.

Aides internationales

L’IPM a reçu par l’intermédiaire de l’OMS, de l’Union Africaine et du gouvernement Malagasy, grâce à la Fondation Jack MA des équipements de protection individuelle, du matériel de prélèvements et des réactifs permettant de réaliser un nombre important de tests diagnostiques par PCR.

Ces dons sont actuellement utilisés par le laboratoire mais pourront être redistribués selon les besoins au MSP et aux laboratoires mettant en œuvre la RT-PCR.

Une aide importante de l’USAID (United States Agency for International Development) pour financer la formation, la surveillance et le diagnostic du COVID-19 a été obtenue à travers le projet RISE (« Research, Innovation, Surveillance and Evaluation »).

Des demandes sont en cours auprès de l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé), du RIIP (Réseau International des Instituts Pasteur) et de l’AFD (Agence Française pour le Développement).

Visites de personnalités à l’IPM

Visite du Président de la République de Madagascar le 28 mars

Le samedi 28 mars 2020, l’Institut Pasteur de Madagascar a reçu la visite du Président de la République, Son Excellence Monsieur Andry RAJOELINA accompagné par la Représentante de l’Organisation Mondiale de la Santé, le Pr Charlotte NDIAYE. C’était l’occasion pour le Président de découvrir concrètement le Centre national de référence de la grippe et des virus respiratoires (reconnu par l’OMS) où sont effectués les tests de diagnostic du COVID-19.

Visite du Ministre de la Santé Publique le 8 avril

Le Ministre de la Santé Publique, le Pr Ahmad AHMAD, s’est rendu à l’IPM le 8 avril 2020. La visite avait pour objectif de se faire présenter le dispositif à l’IPM et d’échanger avec les biologistes qui suivaient la formation sur le diagnostic moléculaire du COVID-19 à l’Institut.