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Projet RISE : Une formation pour initier à la programmation en R avec R studio

Du 05 au 09 juin 2023, l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) a organisé une nouvelle session de la formation « Initiation à la programmation en R avec R studio ». C’est la troisième formation offerte de ce genre dans le cadre du Projet RISE (Recherche, Innovation, Surveillance et Evaluation), financé par l’Agence des Etats-Unis pour le Développement International (USAID).

Les données générées au sein des systèmes de santé (données de surveillance, de laboratoires ou hospitalières) sont en général sous-exploitées, d’autant plus dans les pays à revenu faible comme Madagascar. Ces données doivent être utilisées afin de générer des résultats pouvant aider à identifier les programmes prioritaires et la prise de décision en santé publique. R répond à cette demande car c’est un environnement gratuit et un langage de programmation dédié pour faire des analyses statistiques.

L’objectif de cette formation est d’initier les participants à la programmation en R et à l’utilisation de R studio pour faciliter la manipulation des données, des calculs statistiques et la représentation graphique des résultats. Le but est qu’ils soient capables d’analyser des données de surveillance et de santé publique ainsi que des données de laboratoire, comme l’explique le Dr Yoann MADEC, biostatisticien et épidémiologiste au sein de l’unité d’épidémiologie des maladies émergentes à l’Institut Pasteur à Paris : « R Studio est un outil qui permet d’analyser efficacement les données qu’on peut obtenir par un système de surveillance, par des projets de recherche ou simplement des données propres au laboratoire pour la gestion des intrants. Il peut aussi servir à gérer les données sans avoir de risques de les transformer, de les perdre, etc. » L’intérêt de savoir manipuler ces données est multiple. Par exemple, pour les personnes qui font de la surveillance, cela permet d’avoir un système d’alerte en cas d’épidémies de paludisme ou de tuberculose. R et R studio donnent du sens aux données récoltées. « L’utilisation d’outils standardisés est gage de qualité pour analyser les données. Ensuite, cela va fédérer une communauté qui utilise les mêmes outils, qui peut également s’entraider » explique Yoann MADEC.

Lors de cette édition, 20 personnes ont pu être formées, au lieu des 15 initialement prévues. 9 participants venaient des régions (Direction Régionale de la Santé Publique (DRSP), Service District de la Santé Publique (SDSP), 4 de l’IPM, 2 des Directions Centrales du Ministère de la Santé Publique de Madagascar, 3 personnes de la Faculté de Médecine, 1 d’un Centre Hospitalier Universitaire et 1 chercheur de l’Institut Malgache des Vaccins Vétérinaires (IMVAVET). Cette formation a été très demandée, puisque plus d’une soixantaine de candidatures ont été reçues. Au total 48 personnels de santé travaillant pour le Ministère de la Santé Publique, des institutions de recherche et universités ont été formés en programmation R avec R studio à travers les 3 formations données dans le cadre du projet RISE. « Nous avons formé des personnes aux profils très différents aussi bien dans leurs objectifs que dans les tranches d’âge, explique Yoann MADEC. Il y a des personnes qui font de la surveillance ou de la recherche scientifique. Certains des participants avaient besoin de visualiser leurs données pour leur donner un peu plus de sens. Quand on a un fichier Excel, c’est difficile d’arriver à résumer l’information et avec R on va pouvoir faire des graphiques, des statistiques. Regarder, par exemple, combien il y a eu de dépistage du paludisme par centre de santé, par semaine, sur plusieurs années et comme ça, si les chiffres dépassent un certain seuil, pouvoir alerter. C’est intéressant en termes de santé publique car cela permet d’alerter les autorités, les chercheurs et tout le monde va bénéficier de ces informations. »

Les cours théoriques ont permis aux participants de se familiariser avec l’utilisation de R studio pour l’analyse de la qualité et de l’exportation des données et aussi d’aborder les comparaisons de variables. Les participants ont ensuite pu mettre en pratique les différentes notions abordées sur des bases de données réelles.

Dr Sitraka Ulrich Stephanson RAVELOSON, Coordonnateur du réseau des Centres de Surveillance Biologique Référents (CSB_R) à l’Unité d’Epidémiologie et de Recherche Clinique à l’Institut Pasteur de Madagascar et participant à la formation a expliqué : « J’ai décidé de postuler à cette formation car je travaille sur la surveillance des maladies à potentiel épidémique donc on traite des données qui viennent des centres de santé. Après, nous devons analyser ces données, rédiger des rapports. Nous devons également concevoir des graphiques pour les illustrer. Cette formation me permet de me familiariser avec R. R permet de travailler plus vite et avec plus d’exactitudes et de justesse. »

Il en est de même pour Monsieur Edmond RAHERIJAONA, Responsable du suivi d’évaluation des performances au DRSP Atsimo Atsinanana : « Etant responsable des bases de données de la région, je fais des analyses et des présentations des données ainsi que des suivis des performances. Donc il faut savoir maîtriser les logiciels pour faciliter la lecture et la présentation des résultats. Il faut suivre par exemple le paludisme, les cas de tuberculose, de VIH, etc. R studio permet de mieux analyser les données et de mieux présenter les résultats aux responsables des programmes et des districts. »

Madame RAHANTAMALALA Mirana Ando Mbolatiana, de la Direction du programme élargi de vaccination a ensuite ajouté : « J’ai voulu participer à la formation car le logiciel R m’intéresse beaucoup et j’ai besoin de savoir l’utiliser pour l’analyse des données de surveillance et de suivi de patients notamment sur le VIH mais pas uniquement. Cela permet pour plusieurs maladies, de voir qui sont les personnes les plus touchées, où est-ce que ces personnes se trouvent, le moment où il y a le plus de cas. »